WORKFLOW解析

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Protein Annotation Workflow

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本ワークフローは、立体構造未知のタンパク質に関し、構造及び機能のヒントとなる情報を幅広く実験研究者等に提供することを目的としており、各種プログラム等をGridにより効率的に分散処理し、従来と比較し短時間で結果を表示する。ユーザからアミノ酸配列を受取り、二次構造予測、埋れ残基予測、フォールド認識、ディスオーダー予測、膜タンパク質オールベータ・ベータシート予測、細胞内局在予測を並列分散を実行する一方、データベース検索及び疎水性予測の実行を他のサーバへ依頼し結果を取得後、全ての結果をユーザーが解析し易いよう配置し出力する。2008年12月末より一般公開。

Protein Annotation Workflow
表示-非営利 2.1 日本 License

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Comparative Protein Information Workflow

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本ワークフローは、相同なタンパク質を比較することで保存部位等構造上重要な部位を表示し、実験研究者等に提供することを目的としている。ユーザからアミノ酸配列を受取り、相同タンパク質を検索、その結果からユーザーがいくつかのタンパク質を選択し、マルチプルアラインメントを実行することで保存性が高い残基を表示する。また、二次構造予測結果も同様にマルチプルアラインメントし、保存性が高い二次構造を表示する。2009年3月末より一般公開。

Comparative Protein Information Workflow

Protein Modelling Workflow

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本ワークフローは、立体構造未知のタンパク質に関し、立体構造のモデリングを行います。ユーザからアミノ酸配列を受取り、BLAST等を用いテンプレートに分割し、分割したテンプレート毎にモデリングプログラムを実行しモデルを作成し、また、各テンプレート間の配列に対して構造認識を行い、モデル化します。付加情報としてディスオーダー予測、膜タンパク質予測、二次構造予測も実行し結果表示します。 なおこのワークフローはBIRD　SAHG（ヒトゲノム構造・機能アノテーション）データベースプロジェクトの成果の一部を活用しています。2009年11月より一般公開。

Protein Modelling Workflow
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