Activeワークフロー >> Local PC >>  RNA Structure Prediction Active Workflow


RNA Structure Prediction Active Workflowは、RNAの構造予測等を行うワークフローです。 このワークフローは、各SOAPサービスをKNIMEのノード(コンポーネント)として使用しています。


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インストールと使用方法については各バージョン用のマニュアルを参照下さい。

・ RNA Structure Prediction Active Workflow (Windows版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 (クリックするとダウンロードが始まります)
1. KNIMEパッケージ (.zip zipped file)
2. KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
3. 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
4. readMe


・ RNA Structure Prediction Active Workflow (Linux 64bit版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 (クリックするとダウンロードが始まります)
1. KNIMEパッケージ (.tgz gzipped file, 64bit)
2. KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
3. 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
4. readMe


・ RNA Structure Prediction Active Workflow (MacOS版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 (クリックするとダウンロードが始まります)
1. KNIMEパッケージ (.tgz gzipped file)
2. KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
3. 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
4. readMe

CentroidFoldテスト用サンプル
Sample 1 (Multi-FASTA)
Sample 2 (Multiple alignment in ClustalW format)

IPknotテスト用サンプル
Sample 1 (FASTA)
Sample 2 (FASTA)
Sample 3 (Multi-FASTA)
Sample 4 (Multiple alignment in ClustalW format)

Raccessテスト用サンプル
Sample 1 (FASTA)
Sample 2 (FASTA)

RactIPテスト用サンプル
Sample pair 1 (query, FASTA)
Sample pair 1 (target, FASTA)
Sample pair 2 (query, FASTA)
Sample pair 2 (target, FASTA)
Sample pair 3 (query, FASTA)
Sample pair 3 (target, FASTA)

RASSIEテスト用サンプル
Sample 1 (FASTA)
Sample 2 (FASTA)
Sample 3 (FASTA)
Sample 4 (FASTA)
Sample 5 (FASTA)

Rascalテスト用サンプル
Sample 1a (FASTA)
Sample 1b (FASTA)
Sample Patisirana_a (FASTA)
Sample Patisirana_b (FASTA)

Sample base-pair matrix file for Pegaptanib (Macugen)*

RNA-protein docking テスト用サンプル*
Sample RNA (pdb)
Sample Protein (pdb)

* S. Yamasaki,T. Amemiya,Y. Yabuki,K. Horimoto and K. Fukui*, "ToGo-WF: Prediction of RNA tertiary structures and RNA–RNA/Protein interactions using the KNIME workflow", Journal of Computer-Aided Molecular Design, Volume 33, Issue 5, pp 497–507 (2019).

RNA Structure Prediction-K Active Workflowは、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされております。credit (reference)はreadMeを参照下さい。

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