RNA Structure Prediction Active Workflow
RNA Structure Prediction Active Workflowは、RNAの構造予測等を行うワークフローです。 このワークフローは、各SOAPサービスをKNIMEのノード（コンポーネント）として使用しています。
ダウンロード
インストールと使用方法については各バージョン用のマニュアルを参照下さい。
RNA Structure Prediction Active Workflow (Windows版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 （クリックするとダウンロードが始まります）
- KNIMEパッケージ (.zip zipped file)
- KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
- 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
- readMe
RNA Structure Prediction Active Workflow (Linux 64bit版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 （クリックするとダウンロードが始まります）
- KNIMEパッケージ (.zip zipped file)
- KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
- 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
- readMe
RNA Structure Prediction Active Workflow (MacOS版)
RNA Structure Prediction Active Workflowの実行には以下のファイルが必要となります。 （クリックするとダウンロードが始まります）
- KNIMEパッケージ (.zip zipped file)
- KNIME及び組み合わせ型Active Workflowのインストールマニュアル
- 組み合わせ型Active Workflowユーザマニュアル
- readMe
CentroidFoldテスト用サンプル
IPknotテスト用サンプル
- Sample 1 (FASTA)
- Sample 2 (FASTA)
- Sample 3 (Multi-FASTA)
- Sample 4 (Multiple alignment in ClustalW format)
RactIPテスト用サンプル
- Sample pair 1 (query, FASTA)
- Sample pair 1 (target, FASTA)
- Sample pair 2 (query, FASTA)
- Sample pair 2 (target, FASTA)
- Sample pair 3 (query, FASTA)
- Sample pair 3 (target, FASTA)
RASSIEテスト用サンプル
Rascalテスト用サンプル
- Sample 1a (FASTA)
- Sample 1b (FASTA)
- Sample Patisirana_a (FASTA)
- Sample Patisirana_b (FASTA)
- Sample base-pair matrix file for Pegaptanib (Macugen)*
RNA-protein docking テスト用サンプル*
* S. Yamasaki,T. Amemiya,Y. Yabuki,K. Horimoto and K. Fukui*, "ToGo-WF: Prediction of RNA tertiary structures and RNA–RNA/Protein interactions using the KNIME workflow", Journal of Computer-Aided Molecular Design, Volume 33, Issue 5, pp 497–507 (2019).
RNA Structure Prediction-K Active Workflowは、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの下でライセンスされております。credit (reference)はreadMeを参照下さい。
