Comparative Protein Information Workflow -Help-

使用方法

  1. アミノ酸配列を入力
  2. 各オプションのdefaultを変えたい場合は、入力する
  3. メールアドレスを入力
  4. submitボタンをクリック
  5. 計算が始まって数分後、検索結果が表示されmultiple alignmentに用いる配列を選択する
  6. 計算完了時に結果を示すURLがメールにて送付され、そのURLから結果を参照

各オプションの説明

  1. Select Organisms: BlastまたはPSI-BLASTで検索時、種を指定できます. 別画面で指定した種のみを対象に検索します. 指定しない場合は、全てを対象.
  2. Search By: BlastまたはPSI-BLASTを選択可能. e-value, iterate(繰り返し、PSI-BLASTのみ)を指定可
  3. PDB Threshold: クエリー配列と相同性があるPDB検索時に指定する閾値.
  4. Multiple Alignment: ClustalW, Prime, T-Coffeeを選択可
  5. Conserved Level: 3段階の保存レベルを指定可
  6. Phylip: 系統樹の描画. Bootstrapは回数(1-1000の範囲で指定可能). tree typeはNJまたはUPGMAを指定可
  7. EMBOSS: Hydrophobicity(疎水性)・Charge(電荷)・Isoelectric Point(等電点)を計算し表示が可能

使用プログラム

このWorkflowは以下のプログラムを使用しています。