Comparative Protein Information Workflow -About-

Comparative Protein Information Workflowは Multiple Alignmentを用いて保存領域等重要部位を立体構造的に示します.

またオプションとして以下も選択可能です。
・検索にBLASTまたはPSI-BLAST選択可
・ Multiple Alignmentとして、ClustalW, PRIME(CBRCにて開発), T-Coffeeを選択可
・二次構造レベルでの保存構造示唆
・系統樹, Logosの表示
・Embossによる疎水性、電荷、等電点の計算

処理の流れは以下の通りです

  1. BLASTまたはPSI-BLASTによりNRを検索. この時検索対象となる生物種を指定可
  2. 検索結果からユーザがmultiple alignmentの対象となる配列を選択
  3. Multiple alignmentを実行.
  4. alignment及び保存残基の表示
  5. 相同なPDBがあるか検索し、あればPDB上に保存残基を表示